I pasaulinio karo metais Alytų okupavo vokiečių kariuomenė. Vokiečių karinė administracija vėl sujungė Alytų į vieną administracinį vienetą, iš Kalvarijos perkėlė apskrities centrą. Mieste vokiečiai pastatė elektrinę.
Besikuriančiai Lietuvos valstybei teko kovose apginti savo laisvę. Svarbus vaidmuo šiose kovose teko ir Alytui. Nuo 1918 m. gruodžio mėnesio Alytuje formavosi I pėstininkų pulkas. Šis pulkas kartu su vokiečių savanoriais 1919 m. vasario 12–15 d. prie Alytaus sustabdė Raudonosios armijos dalinių puolimą. 1919–1920 m. vykstant kovoms su Lenkija, Alytui vėl teko didelis vaidmuo. Alytaus kareivinėse tada bazavosi Lietuvos kariuomenės pulkai.
Alytus 